新疆医科大学为了深入贯彻党的十七大精神、国务院32号文件精神和2008年自治区高校工作会议精神，进一步强化学科建设意识、明确学科建设责任、理清学科建设思路、确定学科建设规划，结合学校学科建设实际制定《新疆医科大学开展学科建设大讨论活动的通知》，制定“实施方案”，并于10月7日召开全校动员大会。

10月8日，医院成立新医大一附院学科建设工作领导小组，下设学科建设办公室（设于研究生科），制定《一附院学科建设大讨论工作安排》，召开学科建设大讨论动员大会，姚华书记和温浩院长做了重要讲话，指出学科建设不是一蹴而就的，一定要理清思路、循序渐进，在理解和认识到位的基础上有步骤有计划的，定目标，定任务；全院首先强化学科建设意识，充分认识学科建设的重要性，搞清楚学科建设不是负担，是推动所在学科医、教、研和管理上台阶、上水平的有效途径；学科建设要以学科人才梯队建设和医疗质量管理的提高相结合，保证学科建设在以医疗为中心，以教学与科研为主体顺利的开展和进行。要求全院以科室为单位学习相关文件，明确大讨论活动的指导思想、重要意义、目的基础

10月15日，医院学科建设办公室分发一附院学科建设学习材料（一），组织我院学科建设办公室全体成员认真学习学校下发文件和材料《论高校学科建设》，姚华书记围绕学校动员大会精神专题辅导，学科建设不仅仅是临床、医、技科室在医疗、教学、科研上的具体指标和任务的落实，更重要的是相关职能科室在学科建设中发挥管理的协同作用，切实推进医院可持续大发展；学科建设既要按学校要求做，又要结合我院的实际情况，明确学科建设责任，拿出以三级学科为主线的、切实可行的内涵建设规划和实施方案，重在落实；学科建设要实行动态管理与考核，医院将制定切实可行的绩效考核体系和办法。当天下午相关职能科室负责人分三组对90个科室的学习进行了检查。
接下来，医院将结合我院学科建设实际，继内科学学科建设会议之后，有针对性地组织召开①外科学②病理、检验医学、麻醉医学和影像医学③儿科学、妇产医学与口腔医学的学科建设讨论会，讨论研究并确定各主要学科的学科建设工作。学科建设办公室以三级学科为单位，对全院各学科2005-2007年学科建设情况进行摸底；草拟《一附院学科建设年度绩效考核办法（试行）》与《一附院学科负责人学科建设工作年度绩效考核办法（试行）》，以在每年年终考评中对学科建设工作绩效进行量化评估，与奖励分配挂钩，以表彰先进，敦促后进。组织“新医大一附院2008年度学科建设暨科技工作会议”，会议在认真学习医科大学及一附院学科建设实施方案的基础上，以三级学科为单位（深入查摆问题，寻找差距，明确目标定位，凝练特色，制定本学科建设的目标任务），与知名院校的相同学科进行认真比较、剖析和评议，并安排学科负责人就学科建设工作现状和规划作以汇报。